Слизистая оболочка трахеи состоит из реснитчатого эпителия. Эти клетки имеют очень большое количество ресничек, которое может равняться 2500 (для одной клетки). Реснички постоянно двигаются по направлению к гортани, благодаря чему эффективно выводят инородные тела и слизь. Слизи в трахее также образуется достаточно большое количество. Она является дополнительным фактором защиты.